脲酶抑制劑類：通過抑制土壤中脲酶的活性、延緩尿素水解的一類化學制劑 。根據來源和結構的不同，脲酶抑制劑主要分為磷胺類化合物、酚醌類化合物、雜環類化合物、其他類化合物及其衍生物等；磷胺類化合物主要是磷酰二胺類和磷酰三胺類衍生物，被認為是農作物生產中最有效的脲酶抑制劑，主要包括N-正丁基硫代磷酰三胺(NBPT)、N-正丁基磷酰三胺(NBPTO)、苯基磷酰二胺(PPD)和N-(二氨基磷基)-4-氟苯甲酰胺等。其中NBPT已被證明能與脲酶形成穩定的復合物，是最有效的脲酶抑制劑之一。NBPT的添加量較少，在氮肥中僅需酰胺態氮含量的0.09%~0.2%即可發揮作用，研究表明，施用NBPT可以使土壤氨揮發量減少79%，使稻田氨揮發損失總量降低53%。

硝化抑制劑類：從來源上，硝化抑制劑可分為化學合成硝化抑制劑(SNIs)和生物硝化抑制劑(BNIs)，其中化學合成硝化抑制劑（SNIs）是通過抑制微生物活性，降低土壤中氮的硝化速率，減少NO₃^-的積累、淋溶和N₂O的排放損失，提高肥料的氮利用效率。生物硝化抑制劑（BNIs）是指植物合成或分泌的具有硝化抑制功能的化合物，可以延長NH₄⁺-N在土壤中的滯留時間，從而提高肥料的氮肥利用率。

腐殖質類：主要由腐殖酸、黃腐酸和富里酸組成。腐殖質是一類結構復雜、功能多樣的天然高分子混合物，由多種元素(碳、氧、氫、氮、硫等)組成，含有多種活性含氧官能團(羧基、羥基、羰基、甲氧基、醌基等)，所以具有較強的絡/螯合和表面吸附能力，能絡/螯合土壤中的鈣、鎂、鐵、鋁等陽離子，通過絡/螯合作用減少土壤中N、P元素的流失。

氨基酸類：氨基酸是土壤微生物生命活動需要的優質碳源和氮源，能對土壤的微生物數量、活性、群落組成以及土壤酶活性產生重要的影響。在土壤中施用氨基酸增效劑可以提高土壤微生物的活性，從而改善土壤的理化性狀 。施用氨基酸增效劑可以通過影響土壤過程和直接影響植物生理來改善植物營養，影響土壤過程的機制包括改良土壤結構、改善土壤中微量元素的溶解度，對植物生理的直接影響包括根系形態的改變、根系H⁺-ATP酶活性的提高、NO₃^-同化酶活性的增加。

微生物類：微生物類肥料增效劑是指從大自然中分離出的一種或多種微生物活體制品。微生物利用各種機制來改善土壤肥力、促進植物的營養和水分吸收、提高作物產量，如通過對氮磷鉀的增溶、植物激素的排泄、鐵的有效性增強、磷酸鹽的溶解性增大、鐵載體和氨的產生等方式，將土壤中的不溶性元素轉化為可溶性元素，抑制植物病原體的產生，保護植物免受非生物和生物脅迫以及地下污染物的毒害。