數量不能代表全部，除了菌的數量，還要看有效活菌的數量，使用后起作用的只有活菌，有益活菌數量越大效果會表現越好，國家標準：微生物菌劑產品顆粒的是≥1億，液體是≥2億。生物有機肥是≥0.2億，是國家相關專家經過多年的理論和實踐制定的，肯定是具有實際的指導意義的

而且，復合菌劑的使用效果會受到不同菌種生長習性的影響，盲目的復合，極易造成菌種間的拮抗，影響效果發揮。

影響產品使用效果的因素除了菌的種類及數量外，菌的純度也至關重要，當產品中霉菌雜菌數及雜菌率超標時也會影響應用，市場上少數不合格產品中會含有致病菌，本意是用有益菌修復土壤，使用了不合格品種，反而會引起致病菌繁殖，導致病害發生。

微生物的生命活動，除了會分解土壤中難溶及被固定的元素，增加營養元素的供應量，利用自然界的物質轉化為植物生長所必須的物質，促進作物產量提高外，還能產生植物生長刺激素和拮抗某些致病微生物的作用，可減輕作物病蟲害的發生，肥料效果的發揮與微生物菌群繁殖速度、菌群數量關系緊密，菌群生長存在周期，這一點是與化學肥料和植物調節劑的最大區別，這也就出現了微生物肥料速效性不如化學肥料與植物調節劑的現象。見效慢并無意味著菌劑及菌肥是無效果的，能在較短時間內看到作物長勢明顯改善的品種也未必是好的菌肥或菌劑，其中也不乏一些添加了植物調節劑的品種。

農用微生物菌劑是指目標微生物(有益菌)經過工業化生產擴繁后制成的活菌制劑，它具有直接或間接改良土壤、恢復地力，維持根際微生物區系平衡，降解有毒、有害物質等作用;應用于農業生產，通過其中所含微生物的生命活動，增加植物養分的供應量或促進植物生長，改善農產品品質及農業生態環境。

部分微生物菌種施入土壤后會大量繁殖，當數量達到一定程度后就會成為優勢菌群，但隨著外部環境的改變，如化肥的超量使用、殺菌劑的使用、燜棚、高溫等，都會導致有益菌死亡，從而影響有益菌群在土壤微生物系統中的地位，要繼續保持有益菌群的地位，就需要在作物的生長期多次使用微生物肥料來補充有益菌。

少數用戶在選購微生物肥料時只注重是不是含菌，而不關注菌的種類，缺乏對癥用菌的意識，使用了不對癥的菌品種，產品效果難以發揮，難以達到用戶目的。

不同品種具有的功能不同，微生物肥料的作用會體現在六個方面：提供或活化養分功能;產生促進作物生長活性物質能力;促進有機物料腐熟功能;改善農產品品質功能;增強作物抗逆性功能;改良和修復土壤功能。要結合需求、菌種特點、菌種功能選用對癥的產品。

超過保質期并不意味著產品沒有效果，要區別對待。

在實際應用中，也發現了一些特例，如假單胞菌劑制品(液體)，超過保質期使用非但沒有減效，作用較之前更突出，有待進一步研究。

土壤肥力由生物肥力、化學肥力、物理肥力三部分組成，使用微生物肥料后能提高土壤的生物肥力，可以間接促進化學肥力和物理肥力的提高。使用微生物肥料不能完全替代化肥，但可以提高肥料利用率，減少部分化肥的投入。

微生物肥料中含有活菌成分，將微生物肥料與殺細菌藥劑混合使用且長時間放置，極易影響菌的活性降低并造成部分菌死亡。

使用微生物肥料產品能取得好的效果，前提是要用足量。土壤中的微生物種類繁多、數量巨大，接種的外來有益菌要形成優勢菌群，需要經歷來自環境的考驗和土壤原有微生物的競爭，為了促進有益菌的繁殖需要人為創造有利于有益菌生長的條件，如改良酸化土壤，調整土壤酸堿度;增施有機肥，提高土壤物理肥力;增加微生物菌的數量等。

微生物肥料使用方式靈活多樣，不同的使用方式對效果有一定的影響。微生物肥料主要有六個方面的作用，作用的發揮是建立在菌繁殖的基礎上。

繁殖需要時間，為了更好的發揮肥料效力，應避免在作物已經出現脫肥或需肥高峰期使用，應將用肥提前到種植前或需肥高峰期來臨前10-15天。